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== Origine génétique et théorie de l'hyperconnectivité == Presque toutes les études sur le sujet ont suggéré que la synesthésie a une origine génétique, car certaines familles recensent beaucoup plus de cas de synesthésie que d'autres. Les premières références à ce facteur datent de 1880 (Francis Galton). Depuis, d'autres études ont soutenu cette conclusion. Cependant, il est probable que certaines études<ref name="baron_cohen_1993"></ref>{{,}}<ref name="baron_cohen_1996"></ref>, qui rapportaient un nombre plus élevé de synesthètes pour les femmes que les hommes (jusqu'à 6 femmes pour 1 homme), souffrirent du fait que les femmes ont plus tendance à se déclarer synesthètes que les hommes. Des études plus récentes, utilisant des échantillons aléatoires, trouvent un rapport de 1 pour 1<ref name="simner_et_al" />. Les modèles observés d'héritage de la synesthésie ont d'abord suggéré un mode d'héritabilité lié au chromosome X. Il n'y a pas d'exemples documentés de transmission de père en fils, alors que d'autres formes de transmission (père en fille, mère en fils et mère en fille) sont plutôt répandues<ref name="baron_cohen_1996" />{{,}}<ref name="Cytowic_2002" />{{,}}<ref name="ward_simner_2005"></ref>. Il y a eu des cas de vrais jumeaux dans lesquels un seul jumeau était synesthète<ref name="smilek_2002b"></ref>{{,}}<ref name="smilek_dixon_merikle_2005"></ref>, et il a été noté que la synesthésie peut sauter des générations dans une famille<ref name="hubbard_ramachandran_2003"></ref>. L'étude Simner ''et al.,'' note qu'il est commun que les synesthètes d'une même famille présentent différents types de synesthésie, ce qui suggère que le gène ou les gènes impliqués dans le développement de la synesthésie n'entraînent pas des types spécifiques de synesthésie. Au contraire, des facteurs développementaux tels que l'expression d'un gène et l'environnement doivent aussi jouer un rôle dans la détermination du type de synesthésie qu'un synesthète va développer. En 2009, Asher et son équipe<ref></ref> puis en 2011 celle de Thomson<ref></ref> mettent en évidence des liens avec certains chromosomes. L'imagerie cérébrale a suggéré que les synesthètes pourraient avoir un nombre anormalement élevé de connexions neuronales entre les régions mobilisées par les modalités concernées<ref name="PriceScience2018"></ref>. En 2018, une publication identifie pour la première fois quelques gènes qui semblent prédisposer à la synesthésie, offrant potentiellement une occasion de mieux comprendre d'autres troubles tels que l'autisme (voie aussi concernée par des connexions cérébrales inhabituelles et souvent associée à une sensibilité accrue aux stimuli tels que les sons ou le toucher)<ref name="PriceScience2018" />. Simon Fisher<ref group="Note"></ref> a utilisé le ''séquençage génétique de l'exome entier'' (ne ciblant que l'ADN codant des protéines) pour cataloguer presque tous les variants significatifs d'ADN au sein de trois familles comprenant beaucoup de synesthètes associant son et couleur et vice-versa<ref name="PriceScience2018" />. Dans ces 3 familles, quatre ou cinq synesthètes et au moins un non-synesthète ont accepté de participer à l'étude qui a couvert trois générations<ref name="PriceScience2018" />. 37 gènes ont été identifiés comme prédictifs mais aucun variant génétique particulier n'était partagé entre tous les synesthètes dans les trois familles<ref name="PriceScience2018" />. Ceci laisse penser qu'il n'y a pas de « gène de synesthésie » mais l'action de groupes de gènes ; six des variantes concernaient tous des gènes liés au développement des connexions axonales entre neurones, et tous s'expriment à la fois dans les cortex auditifs et visuels du cerveau au cours du développement de l'enfance <ref name="PriceScience2018" />. Une hypothèse (encore à confirmer, dont par des réplications d'études) est que le cerveau des synesthètes pourrait avoir dans certaines zones un nombre inhabituellement élevé de neurones et/ou une connectivité anormalement forte entre des groupes de neurones traitant des informations différentes<ref name="PriceScience2018" />.
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